Theo Ebert studierte Philosophie, Germanistik, Romanistik und Klassische Philologie in Münster, Paris (Sorbonne) und Heidelberg. Dort promovierte er 1967 bei Hans-Georg Gadamer. Danach ging er für ein Jahr (1967/68) zum Studium der antiken und der analytischen Philosophie an die Universität Oxford. Nach einer Tätigkeit am Hegel-Archiv in Bonn und Bochum wurde er 1972 Assistent an der Universität Erlangen, wo er 1976 habilitierte. Im Jahr 1977/78 folgte er einer Einladung als Visiting Fellow an das University College London. 1980 wurde er zum Professor der Philosophie in Erlangen ernannt, wo er bis zu seiner Pensionierung lehrte.
Von Oktober 1981 bis zum April 1984 gehörte er als Vertreter der Grünen Liste dem Erlanger Stadtrat an. Von ihm gibt es zahlreiche Veröffentlichungen, u.a. die Bücher "Der rätselhafte Tod des René Descartes" 2009 und "Platon: Phaidon. Übersetzung und Kommentare" (2004). Theo Ebert ist Mitglied im Beirat der Giordano-Bruno-Stiftung.