Die Giordano-Bruno-Stiftung steht für die Werte von Humanismus und Aufklärung ein und meldet sich immer dann zu Wort, wenn gegen diese Werte eklatant verstoßen wird. So startete sie anlässlich des sog. Karikaturenstreits eine breit beachtete Kampagne zum Schutz der Meinungs- und Kunstfreiheit, die keinesfalls religiösem Fundamentalismus zum Opfer fallen darf. Ebenso reagierte die Stiftung auf die diversen Zensurversuche des Staates sowie auf Ursula von der Leyens Projekt „Bündnis für Erziehung“, das auf eine stärkere religiöse Fundierung von Bildung und Erziehung abzielte.

Vertreter der gbs traten bei der Debatte um Sterbehilfe für das Recht auf Selbstbestimmung am Lebensende ein oder kritisierten die nur sehr halbherzigen Versuche, den Kreationismus aus dem schulischen Lehrplan herauszuhalten (als Gegenmaßnahme startete die gbs das Evokids-Projekt, das die Evolution bereits in die Grundschule bringt). Viele Initiativen der gbs setzten sich gegen den sog. kulturellen Relativismus zur Wehr, der davon ausgeht, dass Menschen anderer Kulturen nicht notwendigerweise unter dem Schutz der Menschenrechte bzw. des Grundgesetzes stehen. (Man erinnere sich etwa an das umstrittene Frankfurter Gerichtsurteil von 2007, das es einem muslimischen Mann aus „kulturellen Gründen“ zubilligte, seine Frau zu züchtigen.)

Auf Menschenrechtsverletzungen darf man, so die Position der gbs, nicht mit postmoderner Beliebigkeit reagieren. Vielmehr ist es notwendig, die offene Gesellschaft gegen ihre Feinde zu verteidigen (siehe hierzu auch das Buch zum gbs-Schwerpunkt "Offene Gesellschaft"). So engagierte sich die gbs u.a. bei Kampagnen gegen die „kulturell legitimierte“ Praxis der Genitalverstümmelung oder unterstützte das Internationale Komitee gegen die Todesstrafe bei dem Versuch, nach Schari’a-Recht verurteilte Menschen aus den Todeszellen zu befreien, was im Fall der mit 17 Jahren im Iran zum Tode verurteilten Nazanin Fatehi auch gelang…

» Es sollte klar sein, dass jeder Mensch glauben darf, was er will, schließlich sind die Gedanken frei – auch frei zur Unvernunft. Nur sollte dies im 21. Jahrhundert keine Auswirkungen mehr auf die Politik haben. In der öffentlichen politischen Diskussion müssen notwendigerweise weltliche Standards gelten…«
(Manifest des evolutionären Humanismus)