Die Giordano-Bruno-Stiftung ist eine "Denkfabrik für Humanismus und Aufklärung", die sich - um frei, ohne politische Rücksichtnahme, agieren zu können - von den "Schaltzentralen der Macht" fernhält, weshalb sie auch keine öffentlichen Gelder in Anspruch nimmt. Von ihrer gesamten Ausrichting her ist die gbs keine Lobbyorganisation, jedoch unterstützt sie mit ihren Mitteln den Aufbau einer Lobbyorganisation, nämlich des "Zentralrats der Konfessionsfreien".

In Deutschland leben mittlerweile mehr konfessionsfreie Menschen als Katholiken oder Protestanten. Doch sie finden weder in der Politik noch in den Medien die Beachtung, die sie verdienen. Die Giordano-Bruno-Stiftung hat von Anfang an versucht, diesem Missstand entgegenzuwirken. So war sie maßgeblich an der Gründung des "Koordinierungsrats säkularer Organisationen" (KORSO) beteiligt, der 2021 in "Zentralrat der Konfessionsfreien" umbenannt wurde und künftig die vielen Millionen Menschen vertreten soll, die keiner Glaubensgemeinschaft angehören (siehe hierzu auch das gbs-Schwerpunktthema 2022 "Das säkulare Jahrzehnt").

Um herauszufinden, was die Konfessionsfreien denken, welche weltanschaulichen und politischen Vorstellungen sie miteinander teilen bzw. nicht teilen, initiierte die gbs 2005 die „Forschungsgruppe Weltanschauungen in Deutschland“ (fowid). Auf dem fowid-Portal findet man zahlreiche Studien zur sozialen Akzeptanz religiöser oder weltlicher Weltdeutungen. Solches empirisches Wissen ist nicht nur bedeutsam für die Politik, die in der Regel eine weit größere religiöse Bindung der Bevölkerung unterstellt, als faktisch vorhanden ist, sondern auch für die Stiftung, die dank fowid genauere Anhaltspunkte erhält, an welchen Stellen die Aufklärungsarbeit ansetzen sollte.

Um den Konfessionsfreien eine eigene Stimme in der medialen Vielfalt zu geben, brachte die Giordano-Bruno-Stiftung gemeinsam mit dem Humanistischen Verband Deutschland (HVD) den Humanistischen Pressedienst (hpd) an den Start. Der hpd präsentiert aufklärerische, humanistische und freigeistige Positionen, damit diese in der Politik und den Medien größere Beachtung finden. Das Webportal hpd.de ging im Oktober 2006 online und erreichte bereits in den ersten zwei Jahren mit mehr als fünf Millionen Seitenaufrufen große Akzeptanz.

2017 gründete die gbs das mit renommierten Juristinnen und Juristen besetzte Institut für Weltanschauungsrecht (ifw), das eine säkulare Rechtspolitik fördert, entsprechende Musterprozesse begleitet und Konzepte entwickelt, um dem Gebot der weltanschaulichen Neutralität des Staates endlich Geltung zu verschaffen. Wie lange die führenden Politikerinnen und Politiker des Landes diese grundlegende verfassungsrechtliche Forderung bereits ignorieren, zeigt der Verfassungsbruch-Ticker, den die gbs am 14. August 2018, zum 99. Geburtstag des demokratischen Verfassungsstaates in Deutschland, ins Netz stellte.

2020 ging aus der gbs das Hans-Albert-Institut (HAI) hervor, das zu einer Stärkung rationaler, evidenzbasierter und weltanschaulich neutraler Argumente in Wissenschaft, Politik und Gesellschaft beitragen soll und das damit eine "säkulare Alternative" zum (von religiösen Interessen noch immer überproportional bestimmten) "Deutschen Ethikrat" darstellt. 2021 war die Giordano-Bruno-Stiftung maßgeblich an der Gründung des Bertha von Suttner-Studienwerks (BvS) beteiligt, das dazu beitragen soll, dass humanistische Studierende künftig die gleiche Förderung erhalten wie ihre religiösen Kommilitoninnen und Kommilitonen.